El Departamento de Ecología está formado por 16 académicos de la Facultad de Ciencias que comparten intereses biológicos de investigación y docencia. Su principal objetivo es contribuir al conocimiento básico y aplicado de los sistemas naturales, particularmente en ambientes costeros, en el marco integrador de la Ecología, mediante la generación y transmisión de conocimiento biológico relevante, y la formación de nuevos investigadores en pre y postgrado.

La investigación desarrollada por el Departamento se enfoca en tres líneas principales de investigación:

A nivel de pregrado, el Departamento es el principal soporte de la carrera de Biología Marina y provee un apoyo importante a la carrera de Química Ambiental, además de aportar las fortalezas disciplinarias a la carrera de Pedagogía en Educación Media en Biología y Ciencias Naturales de la UCSC. A nivel de postgrado, además, el Departamento es el principal responsable de impartir el Programa de Magíster en Ecología Marina, aporta significativamente al Programa de Doctorado en Ciencias con mención en Biodiversidad y Biorecursos, y además participa en el Programa de Magíster en Medio Ambiente impartido en conjunto con la Facultad de Ingeniería.